El Posgrado (a través de sus integrantes y los cuerpos académicos participantes) cuenta con varios convenios de colaboración científica y académica con otros grupos de investigación e instituciones, tanto nacionales como extranjeros. Estos convenios tienen un objetivo doble: por una parte, proporcionar un marco en el que desarrollar proyectos conjuntos de investigación entre sus participantes, de manera que exista un soporte institucional para recibir profesores invitados, se compartan recursos financieros y logísticos, etc. Por otra parte, proporcionan seguridad legal a los estudiantes participantes, al reconocerse automáticamente los cursos impartidos en instituciones con las que se cuenta con convenio, contar con apoyo para alojamiento, seguro médico, etc.

Actualmente, se cuenta (entre otros)) con los siguientes convenios suscritos y activos:

• Convenio de colaboración científica y académica con el Cuerpo Académico de Geometría y Sistemas Dinámicos (Universidad de Sonora)
• Convenio Marco con la Universidad de Valencia (España)
• Convenio Marco con la Universidad Politécnica de Cartagena (España)
• Convenio de colaboración científica y académica con el Instituto de Neurobiología de la UNAM
• Convenio de colaboración científica y académica con la Universidad de Colima